[qtv]

「すべて保存する」を選択すると、「本当にEmEditorウィンドウをすべて閉じますか？」ダイアログが表示されます。
保存するだけで閉じなくてよいので、このダイアログは不要かと思います。

(追記：2009/06/15 00:01)
自動ワークスペースの設定を「無し」にし、「終了前に確認しない」のチェックを外している場合のみのようです。