カスタムバーの場所に関係なく変化するはずです。ただし、Diff のカスタムバーは、今のところ対応していません。
プロジェクトプラグインのシンボル表示バーも変化していません。
対応するプラグインの有無があるということは、各プラグインが対応させないと色が変化しない、ということでしょうか。
変化するのは、通常のウィンドウとテキストの色だけで、選択項目の色については、Windows 既定色になっています。
私の場合、Windows既定色とEmEditorの配色が全然違うため、一部混在すると見にくくなってしまうようです。
全く見えない配色になってしまうことがあるかもしれないので、カスタムバーにEmEditorの配色を適用しない、というオプションも用意した方がよいかと思いました。