開発お疲れ様です
「タブの自動整列」（アクティブ順）と、「開いている文書」プラグインを併用すると、おかしなことが起こります。
文書を4つ（文書1、文書2、文書3、文書4とします）開いていて、それが左からこの順に並んでいるとします。
「開いている文書」プラグインを有効にし表示させると、こちらも上からこの順に並んでいます。
このとき、「開いている文書」プラグイン側で、
・文書2をクリック
一瞬文書2がアクティブになった後、また文書1がアクティブになります。
・文書3をクリック
一瞬文書3がアクティブになった後、文書2がアクティブになります。
タブの並びは、文書2、文書3、文書1、文書4
「開いている文書」プラグインは、文書2、文書1、文書1、文書4
になります。
「開いている文書」プラグインの2番目に表示されている「文書1」は、マウスカーソルを重ねると、文書３に表示が変わります。
なお、「開いている文書」プラグインの方ではなく、タブをクリックした場合は正しく切り替わりますが、「開いている文書」プラグインの表示はおかしいようです。（おかしい項目にマウスカーソルを重ねると正しく表示される）
環境は
EmEditor 7.00 Beta27
WindowsVista Ultimate