松内です。
Adobe Master Collection CS3をインストールすると、TXTまでメモ帳になっちゃうんですか？！
それって、そもそもAdobe Master Collection CS3側の不具合じゃないでしょうか？ ;-p
Adobe Master Collection CS3でTXTファイルを開くように設定するならともかく、Adobe Master Collection CS3で開かない形式の関連付けに影響を及ぼしてしまうのだから・・・。
EmEditorの関連付けはメニューの「ツール」＞「カスタマイズ」＞「ファイル」タブの下の方にある[EmEditorと関連付け]ボタンを押下して表示されるダイアログから設定できます。