残っていたダウンロードファイルから無事にアップデートできました。
同じ現象に遭われる他の方の参考のために詳細を書いておきます。
まず，ダウンロードファイルは
C:ProgramDataEmurasoftEmEditorupdatesupdate32
には無かったので，「EmEditor のヘルプ メニューの「更新チェッカーのカスタマイズ」」から辿りましたが，すぐに見つかりました。
ダブルクリックしても「セキュリティの警告 ダイアログ」は出ませんでしたので，念のため，いったん中止しました。そして，ファイルのプロパティーで「デジタル署名」→「詳細」を見たところ，「このデジタル署名は問題ありません。」とあったので，再び実行しました。
以上です。