[qtv]

特にどのアプリ、ということはなく発生しています。
タスクトレイにEmEditorがない場合は、発生しないようです。
常駐アプリもなるべく終了させましたが、状況は変わりませんでした。

【例】
1. ExplorerとEmEditorのウィンドウを表示させておく
2. Explorerにフォーカスを当てる
3. EmEditorの「×」ボタンを押して終了させる
4. Explorerがアクティブになるが、1秒くらいすると非アクティブになる。