[yuk]

[ツール]-[カスタマイズ]画面の[検索]タブで、「正規表現が改行文字に一致することができる」がチェックされているでしょうか？
さらに、そのすぐ下の「正規表現で検索する追加行数」で「1以上」の数字が指定されているでしょうか？
当方の環境では、上記のように設定すれば、wassanさんの書かれているような複数行の正規表現がマッチされることを確認できました。

環境
　OS　　　：WinXP Pro SP3
　EmEditor：Pro 7.02 RC3

以上