お疲れ様です。
> [検索/置換ダイアログ ボックスで、選択テキストを使用する]
> [検索/置換ダイアログ ボックスで、カーソル位置の単語を使用する]
[カスタマイズ]の[検索]内にある上記２つはチェックが「外れて」おります。
また、正規表現で置き換えを行ってから、本体にフォーカスを戻して（本体のウィンドウをクリックした後）CTRL+H すると、
・「￥」が１つずつ増える。
・「正規表現を使用する」チェックが「外れる」。
・「エスケープシーケンスを使用する」に「チェックが入る」。
という感じになるようです。
置換ウィンドウ内の状態は、
[＝] ボタンは閉じた状態（１行表示）。
カーソルの選択位置は、「ドラッグ状態ではない、そのときにクリックしたテキストの場所」という感じです。
ちなみに、下記の項目のチェックを外すと、
> [検索/置換ダイアログ ボックスで、選択テキストを使用する]
> [検索/置換ダイアログ ボックスで、カーソル位置の単語を使用する]
置き換え元のテキストが書き換わる（？）ようです。
お忙しいところを恐れ入りますが、
よろしくご検討のほどお願い申し上げます。
使用方法に問題がある場合には、お手数ですがよろしくご教授下さい。