これは、おそらく様々な条件が一致したときに発生する現象だと思います。
[カスタマイズ] ダイアログの [検索] タブで、
[検索/置換ダイアログ ボックスで、選択テキストを使用する] チェック ボックス
と
[検索/置換ダイアログ ボックスで、カーソル位置の単語を使用する] チェック ボックス
がチェックされている状態でしょうか?
また、置換ダイアログで、単一行が入力できる状態か、または [=] ボタンを押して、複数行が入力できる状態でしょうか?
また、置換ダイアログを表示する前に、カーソル位置には、どのような文字列が表示されていて、どの文字列が選択されているでしょうか?
どうぞよろしくお願いいたします。