開発お疲れ様です。
同じくプロジェクトプラグインにおいての不具合の追加です。
外部ツールのプロパティの「ファイルを保存する」のチェックを入れて、外部ツールを呼び出しても保存されません。また、プロパティの設定タブのマクロで設定したマクロを消してもEmeditorを終了し、再立ち上げすると削除したものが復活します（プルダウンの方です）。
直接それらが保存されているファイルを修正しようと思ったのですが、このマクロ設定のデータは何処に格納されているのですか？ソリューションやプロジェクトファイルにはその項目がないようです。また、EmeditorがインストールされているディレクトリのeePlugins.iniやeeCommon.ini辺りも見てみたのですが、見当がつきません。
早急に対応していただけると有難いです。