誤解のないように念のため書いておきますが、「failed to open」というメッセージと異常終了とはまったく意味が異なります。
「failed to open」というのは、アクセス許可を持っていないファイルや、他のファイルが排他的に開いているために開くことができなかったファイルの場合に表示されるものであり、6.00.3 から表示されるようになった、意図した仕様です。本当に開けないファイルの場合は、これで正常ですので、心配はありません。また、これが表示されても、他の開けたファイルは正常に検索しています。もし、これが読み取れるはずのファイルなのに表示されるとすると、問題ですが、このスレッドの内容とは異なります。その場合は、別のスレッドにして報告していただけると助かります。
異常終了というのは、「問題が発生したため、EmEditor.exe を終了します。ご不便をおかけして申し訳ありません。… 」という Windows システムのダイアログが表示され、その後、EmEditor 自体が強制終了されてしまいます。もし、このような状態になった場合には、ワトソン博士のログが取得できますので、バージョン番号を明記して、私あてメールでご連絡いただけると幸いです。そのとき、もし再現できる条件がわかれば教えていただけると幸いです。どうぞよろしくお願いいたします。