http://jp.emeditor.com/help/dlg/properties/scroll/index.htm
http://jp.emeditor.com/help/dlg/properties/scroll/vert_line.htm
http://jp.emeditor.com/help/dlg/properties/scroll/horz_line.htm
わかりにくい場所に配置されていて気づきにくいのですが、
「罫線」機能があります。
今回の場合、これが最適な解と思います。
全ての設定のプロパティでこれを設定すればよいでしょう。
罫線の色は、プロパティの強調タブで好みの色に変更可能です。