Yutakaさま
そうですか．とすると他に条件が思い当たりません．
OS : Vista Ultimate SP1 32bit
Emeditorのver : Emeditor Professional 7.02
プラグインは付属のものです．
Emeditor 8 beta6でも試してみたのですが現象は同じでした．
1. ドライブにあるもの(D:foo.txt)
2. シンボリックリンクにあるもの(C:data_drive => D:foo.txt)
3. ディレクトリジャンクションにあるもの(C:data_drive => D:foo.txt)
4. ユーザーフォルダにあるもの(C:UsersusernameDocumentsfoo.txt)
このうち3と4だと階層が開かないようです．
(ただしC:Usersusernamefoo.txtは開く)
なんだか条件がよくわからなくなってしまいました．
環境依存の現象だとするとあきらめるしかなさそうですね．