早速の対処ありがとうございます。
ところで使用している EmEditor のバージョンを記載するのに対応bitが抜けておりました。使用しているのは、
EmEditor Professional (64bit) 10.1.0
です。失礼致しました。
あと、 EmEditor を一度起動した後は IME が問題なくオンになるとのことですが、私の PC では、MS Office IME 2010 が既定の IME になっている場合、IME の自動起動は効きません（もちろん手動での起動は可能です)。Microsoft IME が既定だった場合は問題ありません。個々の環境の差があると思いますが、一応ご報告いたします。