申し訳ございません、EmEditor 固有の問題では無かったです。
言語バーは完全に非表示（フローティング無し・タスクバーへのドッキング無し）にしています。英語配列キーボードをメインに使用しており Input Language の切り替えを頻繁にする為に Alt+Shift キーを使っております。
Vista SP1 で修正されたものか、はたまた OS 再起動で原因が解消されたのかどうかが判断付きませんが、先日 Vista SP1 を導入してから３日経過しましてスリープ解除時の動作も含め全く問題無く EmEditor 上で Microsoft IME ON/OFF が出来ています。
じっくりと過去の挙動を思い起こしてみると、お恥ずかしながら Firefox 2 で表示しているウェブページのテキストボックス内でも、Alt+Shift を繰り返しつつ特定の IME/ON OFF キー（半角の「～」キーを使います）を押しても日本語入力に変更出来ない症状に陥っている事に気が付きました。日々使っている EmEditor だけの問題だと早とちりで思い込んでしまったようです。
この件について作者様及び観覧して頂いた方、お騒がせしました事をお詫びします。
蛇足では在りますが、Windows 95 時代から EmEditor を愛用させて頂いており、当時唯一 Global IME に対応していて英語版 Windows 98 上であっても日本語入力が出来るエディタとしてとても助かっていました。