お忙しい中、回答ありがとうございます。
おっしゃるとおりにやってみたのですが、
比較、同期スクロール共に、
折り返さない設定に変わってしまいます。
比較を終了しても変わらないですし、
ファイルを全部閉じて、再度開き直しても折り返さない設定になっっており、
設定のプロパティで、折り返し方法を変更しないとなおらないです。
念のため、以下に使用環境等をお知らせします。
EmEditor Professional(32-bit)Ver 10.0.0
windowsXP Professional SP3
よろしくお願いします。