無題で開いても0バイトテキストファイルなのでメモリを圧迫するようなことはないので気にしなくて良いと思います。
無題ファイル空のままはファイルを開いたら、上書きされますし、保存時は無視されるので気にしに無くても良いと思います。
エディタは編集用にバッファを持つので、新規ファイルが開いて当たり前、そんなモノです。と個人的に思います。
どうしても新規ファイルが気になるのであれば、他アプリからの起動をもう少し正確に設定する必要がありますね。つまり単純なEXE指定では要望を満たせないと言うことです。
Window一覧にEmEditorがある場合はEmEditorをActiveにする、無い場合はEmEditorを起動する、とランチャーに登録しなくちゃ行けないと思います。AutoHotKeyなどでしたら可能ですよ。
そもそも、EmEditorのトレイアイコンに起動ショートカットキー割り当てがあったら、ランチャーでなくそれを利用するのも手ですが、テキスト取込み以外の機能がないのでむりですね。
マクロのイベント実行でフォーカス取得時に『無題』を無理矢理消すことも可能だと思います。