Yutakaさんは書きました：
アンインストールする際に、設定を保存しますか? というようなメッセージが表示されますので、そこで「はい」と答えれば、設定は保存されます。
アイコンの配置はバラバラでしたが、うまく反映されました。よかった・・＾＾；
初めてバージョンアップする方のためにも、上書きインストール時は「プラグインにチェック」するようにＦＡＱ
http://jp.emeditor.com/modules/xoopsfaq/index.php?cat_id=1#q2
に書いていたほうがいいと思いますよ。