たしかに、Shellのデフォルト実行を変えてしまえば、できますね。ただし、これはマクロがVBとJSで構成されることが前提になります。私のマクロフォルダにはPHPやPythonのマクロもあふれています。(ライブラリの利用ができるから)これらの関連づけを変更するのはちょっと抵抗がありますが。
もともと、AptanaのActionsというdemoビデオをみていて、これEmEditorで出来そうでできないなぁと思っていたのです。
個人的には、エクスプローラバーを複数インストールして、FTPフォルダをルートにしたり、マクロフォルダをルートにしたり
そういう使い方が出来ればいいかなと。
>・jsee, vbee用のアイコンを用意する、他と区別がつくように再生を示す三角マークをつける
これいいですね！jseeファイルにアイコンがないのはちょっと寂しかったし、再生を示すボタンっていいですね！ショートカットアイコンの矢印のようなイメージでしょうか。
あと、類似の提案なのですが。
エクスプローラバーの右クリックに、「このファイル内容を編集中のファイルに挿入する」項目があると便利では無いでしょうか。挿入コマンドが実行できるとSnipptsよりデータ管理が直感的でできて良いかなと思います。(これもShellからできるのかな？）