お世話になり、ありがとうございます。
原因が特定できました。
この現象はまったく普通に使われるような文字では起きないようです。
再現マクロはこれらの文字を故意に前後に入れてやると解除されないことが発生するはずです。
前後に入れて試してみてください。
すべての制御文字かどうかはわかりません。
制御文字など表示が正しく行われない□で表示される文字などが前後にあるときにも発生する現象のようですが□で表示される文字すべてではありません。
少しずつ文字を削っていって現象が発生する時と発生しない時を比較していたら制御文字などある特定の文字を消したところからは発生しないということがわかりました。
現象が起きるのは制御文字だけでなく不正な文字も含まれますが、全ての文字種類は特定出来ていません。
これらを取り除いて置換してみると通常の思惑どうりの範囲指定のみの置換結果になります。
私がやっていますように画面をクリックすると言う動作を組み合わせることによって今回のような場合も完全に範囲が解除されますのでその方法で修正してください。
document.selection.Collapse();
document.selection.SetActivePoint(eePosLogical, 1, 1);//画面をクリック
EmEditorの変更で仕様をこのふたつを組み合わせて動作させるようにしてください。