最新の23.10で問題が再現しましたので勘違いではなかったようです。
document.selection.Collapse();これだけでは解除されていないです。
document.selection.SetActivePoint(eePosLogical, 1, 6);//ブルー反転を解除させる
しばらくこのコードをコメントアウトにしてやっていたら不具合が起きてました。
これを付けないと他の所がおかしく変換されました。
コメントアウトを消すと直りました。
どうやら同じ行にあると影響が残る感じです。これは送ったサンプルとは再現の仕組みが違いました。
