いつもお世話になっております。江村です。
CSV文書の場合、[HTML/CSS/JSON/XML 文書用] と書かれたボックスの中のオプションは関係ありません。したがって、[次の行数を超えると構文チェックを無効] の設定には無関係となります。
列数の不一致エラーということですが、その前に発生するエラーが原因のこともあります。これが唯一のエラーの場合には、不具合の可能性があります。もし問題を再現できるサンプル ファイルがありましたら、提供していただくことは可能でしょうか? 問題が再現できれば、できるだけシンプルにしたもので結構です。構文チェックボタンが無効化される件についても、同様に問題を再現する条件がわかりましたらご連絡ください。
よろしくお願いいたします。