切り替えとはKVMスイッチという機材を使用して
ディスプレイに出力するPCを切り替えるです。
PC①がディスプレイに出力（ノートPCで外部ディスプレイに出力）している状態で切替えると
PC②がディスプレイに出力するようになります。
この時PC①が画面表示を拡張モードにしている場合、
前述の現象になります。
やってはいませんが、HDMIスイッチなど入力を切り替える機材でも起きるような気がします。
要は認識していた外部ディスプレイにEmEditorを表示している際に、
そのディスプレイが認識しなくなると、メインディスプレイにEmEditorが表示されます。
この時、ウィンドウを閉じるイベントが発生しているのではと思っていますが、どうですかね？
ちなみに、他のエディタでは同様の動作になりません。