[Thomas]

フォントは、MSゴシック
DirectWriteにチェックあり
です。

ちなみにDirectWriteのチェックを外すと
モノクロ表示になりましたが、位置ずれはなくなりました。
ちなみに、チェックありの場合、次行の自動設定にチェックが入っております。
（EmEditorはv2ぐらいから使っていますが、この辺は触っていないと思います。）
他に調査項目があれば連絡ください。

念のため、OSはWindows Home 64bitです。
よろしくお願いいたします。