[ssskyhigh]

お返事どうもありがとうございます。
おっしゃる通りに
document.HighlightFind = false;
を最初に追加するだけだと、元のハイライトまで全て消えてしまうのですが、あわせて
document.HighlightFind = true;
も最後に追加した所、以前と同じように動くようになりました。
どうもありがとうございました。

（トピックのタイトルと相談内容が一致しておりませんでした。すみません。）