いつもお世話になっております。
次に公開する Version 21.6.908 では、[カスタマイズ] ダイアログの [ファイル] ページに [EmEditor がアクティブな時だけファイルを監視する] オプションを追加しました。このチェックをクリアするとご希望の動作になります。
また、設定のプロパティの [スクロール] ページで [1頁の垂直スクロールを常に有効] がオフの状態で、垂直スクロールが表示される状態で、ファイルの最下部が表示されている場合には、読み直したときにスクロール位置を末尾に移動するように、変更しました (オプションはありません)。
公開されたらお試しください。よろしくお願い致します。