[snow]

書き込んだ直後ですが、理由が分かった気がします。
プロジェクトの別のフォルダに、すでにフォルダを追加していました。
同じファイル（relativepath）が追加されている場合、たとえフォルダが別でも登録済みとみなされて追加できない、でしょうか。
つまりプロジェクト上、ひとつのファイルはどこかひとつのディレクトリにしか存在できないという制約でしょうか。