seena417 様
いつもお世話になっております。
まず、念のため、jq だけで問題なく整形できるか、以下のマニュアルを参考にして確認してください。
https://stedolan.github.io/jq/manual/
問題がない場合には、EmEditor の問題の可能性があります。
外部ツールの設定で、出力は、「新規文書の作成」として問題が改善するかどうかお試しください。また、エンコードをシステム既定など、他のエンコードに変更してみてください。問題の json ファイル内に日本語などが含まれている場合は、正しいエンコードで保存されているかご確認ください。また、日本語の部分をすべてカットしても問題が再現するかお試しください。
問題の json ファイルを Anonymize (匿名化) して提供していただくことも無理でしょうか? 例えば、EmEditor の置換ダイアログで、[正規表現] をチェックして、[a-z] を a にすべて置換していただくと、匿名化できますが、正しくない json となってしまう場合があるので、さらに条件付き置換する必要はあるかもしれません。
よろしくお願い申し上げます。