Emura様
ご回答ありがとうございます。先ほど更新チェッカーの設定を変更し、ベータ版を含めるように設定を行ったところ、EmEditorは20.5.915になった模様です。
問題となるjsonファイルで再度jqでの整形を行ったところ、同じように応答なしとなってしまいました。
ただファイルサイズの問題ではないようです。
別ファイルのもっと大きなjsonファイルでは問題なくjqで整形できました。
「応答なし」となってしまうjsonファイルは外部に出すことができないもので、サンプルファイルを送付することができません。申し訳ありません。
外部に提出しても問題がなく、同じ状況になるjsonファイルがありましたら、ぜひとも送付させていただきます。
（なおそのjsonファイルは、AWSのSESで設定セットを利用し、イベントをFirehose経由でS3に書き出したものになります）
追加情報としては、CentOS 7系にてEPELにてパッケージされているjq 1.5では対象のファイルでも問題なく整形されます。
（Windowsにインストールしたjqは1.6になります）