江村様
ありがとうございました。
無事に元に戻すことができました。
100％同じ設定で使っていたわけではありませんが、他にも違い（勝手に変更された設定内容）が
ありますので、気がついた部分だけ以下にまとめます。
１．マーカーのカスタマイズ
・自動マーカーを有効にする：チェックOFF→ON
・カーソル位置の単語を取得する：チェックOFF→ON
２．カスタマイズ／タブ
・ 幅：ファイル名に合わせる→指定幅に固定する
・ 挿入位置：一番右→アクティブなタブの右
・入り切らない時：列を増やす→空
・閉じるボタン：全てのタブ上→アクティブなタブ上
３．カスタマイズ／表示
・カーソルのサイズ幅：システム規定→8
・カーソルのサイズ高さ：フォントサイズ→4
４．カスタマイズ／csv
・ヘディングの行数：0→4
５．表示／フォントの設定
・フォントの設定：Ricty Diminished,12→ＭＳ ゴシック,12
（フォントRicty Diminishedはメインサブ両PCにインストール済）
また、サブPC側の全ての設定を初期化後にメインPCと同期すると、
表示メニュー／行番号なし＋ルーラーなし＋上記の問題が再発します。
表示メニューのフォントの設定にはＭＳ ゴシック,12だけが表示されています。
同期元のメインPCでは特に問題はありません。
なお、メインPCから全ての設定をIniファイルにエクスポートし、サブPCで初期化した
EmEditorからIniファイルからレジストリにインポートすると、以下のエラーが出ますが、
https://imgur.com/eRPwLCa
（おそらく、β版で追加になった設定「アウトラインのタイプ：タブ」等が原因かと思います）
インポート直後はメインPCと同様の設定となっており、問題はありません。
しかしながら、やはり同期を受信（メインPCの設定をインポートしているので、送信→受信に変更）
させると、上記の問題が再発します。
お手数ですがご確認頂ますようお願いいたします。
必要でしたらファイル等をお送りすることも可能です。
また、これは別のご提案なのですが、カスタマイズが「カスタマイズ(C)」と「マーカーのカスタマイズ(K)」で
別れているのは分かりづらいので、可能であればカスタマイズに一本化していただくことをご検討いただけませんでしょうか。
どうぞよろしくお願いいたします。