ご返信ありがとうございます。
すみません、うまくお伝えできていないようですのでもう少し細かく箇条書きしてみます。
0. xxx.htmlを含む複数タブの状態で実行（現状10タブ、xxx.htmlがアクティブ）
1. xxx.htmlを保存
2. xxx.html内を置換
3. xxx2.htmlで別名保存（ここまで問題なし）
4. // xxx2.htmlをクローズ
問題点1：xxx2.htmlではなく別のタブが閉じる（これが一番意味不明な挙動です。このため現状コメント）
5. xxx.htmlを開く（3で別名保存した結果xxx.htmlはない＝「既に同じファイルが開かれている場合」ではありません）
問題点2：xxx2.htmlと同じタブに読まれている？（期待どおりxxx.htmlが開かれる）
問題点3：2の置換時のマーカーが消えない
3で別名保存しているが内部のタブの認識はxxx.htmlのままで、その影響で5で開くときに完全にならない？ように見えます。
よろしくお願いします。