江村さま
お世話になります。
>保存時は、[名前を付けて保存] ダイアログで、ここで指定されたフォルダが最初に出てくるはずですが、
というのはどういう意味でしょうか。
先に書きましたように、特定のプロパティ（文書形式）について、［現在の設定のプロパティ］-［ファイル］で［新規作成時］で、任意のフォルダを設定しているのですが、そのファイルを新規作成→保存する際に、設定したフォルダが出てこないことがあります。
たとえば、この文章は .txt 形式で下書きをし、デスクトップに保存をしながら書いています。
このあと、EmEditorを終了させ、新規に起動します。この際はデフォルトである .txt形式で起動をしてきますが、［ファイル］→［新規作成］から選択して、自らが独自に作った .hoge 形式を新たに開きます。
この hoge 形式は 新規作成時の保存先を D:\直下にしているのですが、いざ保存をしようとすると、直前の .txt で保存したデスクトップが［名前をつけて保存］に表示されてしまいます。
以上ですが、伝わっていますでしょうか。