この変更はおおむね歓迎ですが，逆にありがたくないケースもあります。
最終行がインデントされたテキストを書き終わり，最後に [Enter] を押すとオートインデントによってスペースだけの行ができますが，この状態で保存した場合はやはりそのスペースは削除してほしい。
1～2 段のインデントなら [BackSpace] で消せばいいのですが，多段になるとつい [BackSpace] を押しすぎることもありますし，[Shift]+[Ctrl]+[←] とか [Shift]+[Home] とかで選択して削除とかも面倒です。[Ctrl]+[L] という手もありますが，クリップボードが変化するのは嬉しくありません。
「最終行がインデントされたテキスト」は，Python，CoffeeScript，Slim，Sass などでよくあります。
そこで，beta 4 の仕様を基本にしつつ，カーソル行が最終行だった場合はやっぱり末尾空白を削除する，という仕様はいかがでしょうか。
なお，「EmEditor v17.2.0 beta 4 を公開しました 」において
> [行末の空白を削除] コマンドで、カーソル位置の右側の空白は削除しないようにしました。
とありますが「カーソル位置の右側の空白」は「カーソル行の行末の空白」の間違いですよね？