[redakt55]

まず，メニューについては，リセットはせずに，「メニューの変更」で対処しました。

さて，本題のほうですが，再現条件が分かりました。
「ツール」→「カスタマイズ」→「並べ替え」の設定によって，「重複行を削除」の動作が変わるようです。
「大文字、小文字を区別しない」が OFF だと空行が一つにまとまりますが，ON だとまとまりません。
また，「全角、半角を区別しない」が OFF だと文字を含む重複行がまとまりますが，ON だとまとまりません。