Version 16.9.3を見ました。
別の現象なのかもしれませんが、変更行マークが消えない動作がありました。
1. 複数行あるファイルを改行コードを変更して保存。こういうファイルを使っています(うまく編集できませんでしたが、空行無しで、1行目から”abc”と書かれています)。
abc
abc
abc
abc
abc
2. 2行目末にカーソルを移動し、スペースキーを押す(2行目に変更マーク)
3. 下キーを2回押して、4行目末に移動
4. 改行(5行目に移動し、5行目に変更マーク)
5. 元に戻す
これで、4行目に変更マークがついていました。
私としては、手順5の「元に戻す」で手順4が元に戻り、2行目の変更マークだけが残るのではないか、と思っています。