同じ症状でしょうか、私の所でも起こります。
16.2.x までは問題なかったのですが、16.3.0 にしてから
・[ファイル]→[すべて閉じる]のショートカットが表示されず、実行しようとしても無反応。
・[ファイル]→[すべて保存して閉じる]はショートカットが表示されていますが、これも無反応。保存も行われません。
・ウィンドウ右上の終了ボタンが無反応。Alt+F4 も効きません。
という症状が出て困っています。
終了手段がなくなったので、タスクマネージャからプロセスを終了させなければならず、不便です。
EmEditor Professional (64-bit) Version 16.3.0
Windows 10 バージョン 1607 (OS ビルド 14393.447)