こちらは、まだ解決していないという認識です。
タイトルとわかってきた現象が違ってきたので記載し直します。
(Windows側の不具合かもしれませんが。)
■手順
・メインディスプレイと、メインではないディスプレイに、それぞれEmEditorのウィンドウを開く
・メインではないディスプレイのタブを分離する
■現象
・分離したウィンドウが、元のウィンドウではなく、メインウィンドウを基準にしたような位置になっている
・Windowsの設定で、ディスプレイの水平位置を大きくずらさないと現象がわかりづらい
補足
・ディスプレイごとのDPI設定は、今回の現象とは関係ないという認識(DPI設定が違うと、ウィンドウをディスプレイ間で移動させた際にサイズが変わるが、今回はウィンドウの移動は発生していない)
・Windows10 64bit(version 1607 build 14393.321)