DPI値は異なると思います。
(「テキスト、アプリ、その他の項目のサイズ」は、両方とも100%です。)
今回の現象はモニタの移動ではなく、タブを分離した直後の動作で、ウィンドウは分離後も同じモニタに表示されています。
どうも条件としては、
・ディスプレイの位置設定が、並びは左右だが上下に大きくずらしている
・メインディスプレイとそれ以外のディスプレイのそれぞれにEmEditorのウィンドウが開いている(またがったりはしていない)
という場合に発生していて、現象が発生するのはメインディスプレイではない方に表示しているEmEditorだけのようです。
OSを記載していませんでしたが、Windows10 64bitです。