江村様
どのバージョンからか分かりませんが、上記の
>他のプログラムで変更した際、
>「ファイルは他のプログラムによって変更されています。読み直しますか。」
>とダイアログが表示されます。
時、区切り位置がリセットされてしまいます。（ヘディングの状態は維持されます。）
一応ですが、他のプログラムで内容変更時の再現動画です。
https://www.dropbox.com/s/b8xz4kqp1m6qcre/EmEditor0518a.avi?dl=0
ご確認をお願いいたします。
EmEditor v16.0.0 beta 4