[設定のプロパティの [ファイル] タブで、「外部で変更された時」に「読み直すかどうか選択する」が指定されているか、監視間隔には既定の 5 秒選択]
については 同じ設定でした。
今日、PCでは再現できませんでした。
先日の状況を思い返すと、エクスプローラの調子が悪く、フォルダーの内容が「更新（F5キー押し)」を実行しないと ファイルサイズや更新日がリフレッシュされない状況だったのを思い出しました。
そのような状況下でEmEditorが誤作動していた可能性があります。エクスプローラが誤った情報を伝えていたのではないかと思います。
とりあえずこのまま様子を見ます。
