[redakt55]

追試しました。

後方参照を使うかどうかは本質ではなく，要は検索でキャプチャーした文字列が，Onigmo だと置換側で \1 で参照できない，という問題のようです。
以下で再現します。テキストは「あいう」でも何でも OK。

タイプ：カスタム
一致した文字列を隠す／正規表現で置換する：ON
正規表現：ON
検索：(.).*
置換：\1

Boost だと各行の最初の一文字がアウトラインバーに表示されますが，Onigmo だと表示されません。