ご教示ありがとうございます。
言われた通り、よくわからないままその設定でリセットを行いましたところ 同じ設定になりました。
しかしながら このような状況になった場合に その設定で治ることを自力で探し出す・把握しておく というのは困難のように思いました
特に 「 [フォントの分類] 一覧からすべての項目を選択 」（すべて選択ボタン） の意味がよくわかりませんでしたが 以下のように手順を追って確認することで動作はなんとなくわかりました。
１．上記手順にて「リセット」(全部同じフォントに設定しておく）
２． UTF-16LEの .TXT ファイルを開き、現在の設定のプロパティから、[表示] タブを選択し、[フォント] をクリックして、[フォントの設定] ダイアログで、[フォントの分類] を見ると【標準】になっている。
３．SHIFT_JIS の .TXT ファイルを開き、現在の設定のプロパティから、[表示] タブを選択し、[フォント] をクリックして、[フォントの設定] ダイアログで、[フォントの分類] を見ると【日本語】になっている。
上記の結果から以下の状況を推定していますが正しいでしょうか？
・ この【標準】や【日本語】の設定ごとに 同じ[Text] の設定ながらも 別々の設定を持っている。
同じ[Text] に行った設定変更が共有されないという風に思っていたため混乱がありましたが、フォントの分類によってさらに派生した設定があるという理解です。
設定が枝分かれしすぎのような気もしますが、問題なく今後は使えそうですのでこのままでもよいと思います。
質問ですが 開くファイルのエンコーディングによって フォントの分類 は自動で【標準】、【日本語】 や その他にマッピングされるのでしょうか。ヘルプを見ても該当する説明は無いようです。
少し戸惑った理由の一つに CTRL+N で新規ウィンドウを開いた際に元のタブの設定が引き継がれなかったことがあると思います。
元のタブ： UTF-16LE(BOMあり）のファイルを開いていた
CTRL+N 新規タブ：SHIFT_JIS が初期設定で開いた