EmEditor v15.8.0 beta 2 でも、列全体(１列のみ）の選択時は、列の右側の区切り文字が含まれているようです。
このまま区切り文字も含めて任意の置換を行うと、区切り文字が消えてしまい、隣の列と結合されてしまうことがあります。
列単位で選択した場合には区切り文字をその範囲に含めないようにできないでしょうか。
・１列全体を選択→ 区切り文字を含めない
・２列以上を選択→ コピーする場合は列と列の間の区切り文字を含める（一番右端の区切り文字は含めない）、置換する場合は列と列の間の区切り文字を置換対象にしない。
個人的には CSVモード時は 「区切り文字」は「区切り」そのものに変化するイメージなので、置換対象になるのは想定外です。
列選択時の右端の区切り文字を含めないようにするだけでも大変ありがたいのでご検討いただけないでしょうか。
よろしくお願いいたします。