yuuan 様
いつも EmEditor をお使いいただき、ありがとうございます。
自動ワークスペースが有効になっていると、以前のウィンドウが表示されることもありますので、[カスタマイズ] ダイアログの [ウィンドウ] タブで、[自動ワークスペース] を無しにしてお試しください。
それでも問題が発生する場合は、お手数ですが、レジストリエディタで、
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\EmSoft\EmEditor v3\Common
の部分をエクスポートして .zip に圧縮してからメールで tech @ emurasoft.com あてに送っていただければ、こちらで再現テストを行いたいと思います。
どうぞよろしくお願い申し上げます。