私のところでも、いつからかわかりませんが、アイコンが初期化のような感じになっていました。
「EmEditorと関連づけ」のプロパティがグレーアウトされていたので、更新することが出来ません(削除は出来る)。
江村様の手順2「HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Classes\.extを削除」をやると、Explorerとの関連づけが消えてしまいました(ダブルクリックで開かない)。
やむなく、「EmEditorと関連づけ」で削除し、もう一度「EmEditorと関連づけ」で登録すると、アイコンが戻りました。
同じような現象が出ていました、というご連絡まで。
なお、以前からEmEditorによるアイコンの変更をすると変な感じがしていたので別のツールを使っていましたが、それが原因かもしれません。