ご返信ありがとうございます。
ご指摘の通りプラグインを確認したところ、Windowsエラー報告(WER)が表示されるのは「単語補完」プラグイン(WordComplete.dll)を有効にした状態の時でした。
プラグインを無効（ツールメニュー＞プラグイン＞単語補完のチェックを外す）にした状態では、ファイルから検索ダイアログを表示したままショートカットキーでEmEditorを終了してもWERは表示されませんでした。また、WERが表示されますが、実際にはEmEditorは強制終了していないのか、クラッシュレポートは作成されませんでした。
WordComplete.dll自体はアップデートに伴い最新に更新されていると思いますが、念のため、 http://files.emeditor.com/emed64_14.9.3_portable.zip 内にあるWordComplete.dllで試してみても、解消されませんでした。プラグインの設定ダイアログでは「WordComplete」のバージョンは「14」と表示されています。
クラッシュレポートは作成されませんでしたが、レジストリファイルは別途メールさせていただきます。
再度お手数ですがご確認いただければ幸いです。
よろしくお願いします。