この件についていろいろ考えておりました。
[起動時、ウィンドウ位置を復元] と [起動時、ウィンドウ サイズを復元] についてだけ [現在のウィンドウ位置を保存] ボタンを押したことによる影響があるのですよね。
であれば、[現在のウィンドウ位置を保存] ボタンがダイアログの一番下にあることで誤解が生じる可能性が高いと思います。
上記 2つのチェックボックスと 1つのボタン がグループとして認識されるデザインが良いのではないでしょうか。
また
[タブを有効にする時にウィンドウ位置を復元] では、結局その機能を有効にした時の動作を うまく表していない気がします。
たとえば ”タブが有効な状態で終了したときは常にウィンドウ位置とサイズを保存” が今の動作とちかくないですか？
この理解でよいでしょうか？