jinsei 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
ご迷惑をお掛けして申し訳ありません。β版からは正しく色の設定が引き継がれないので、すべての設定のプロパティの [表示] タブを選択して、[リセット] をクリックして [既定にリセット] を選択してください。
関連付けについてですが、その別アプリをアンインストールすれば、関連付けも元に戻るかと思います。その上で、関連付けを変えない設定があれば、変えない設定でインストールしなおすことをおすすめします。または、EmEditor の [ツール] メニューの [カスタマイズ] の [ファイル] タブで、[EmEditor と関連付け] を選択し、関連付けを変更することもできます。
このたびは大変ご迷惑をお掛けして申し訳ありませんでした。
他にも何かご質問がございましたらご連絡ください。
今後もよろしくお願い申し上げます。