snowさんは書きました：
開発お疲れさまです。先ビルドでワークスペースの仕様が変更されたようで、/wsオプションでロードできませんでした。
自動で変換して欲しかった気もしますが、ワークスペースの再作成は問題なくできたので、そこは置きます。
昨日Flash Playerの更新によりWindowsを再起動したところ、スタートアップに登録してある/wsオプションのショートカットで、数十回の復元失敗のアラートが上がりました。
ワークスペースに登録してあるドキュメントは3つです。
その後、手動で当該ショートカットを起動したら、問題なく復元されました。たしか以前のビルドでも、同じ現象が発生したことがありました（このときはそう多くのアラートは上がらなかったと思いますが）。
このPC特有の現象という可能性も高いですが、一応ご報告差し上げます。
念のため：Windows XP sp3
ワークスペースの仕様は変更になり、保存先もレジストリからハードディスクの、Vista の場合、通常、 C:Users(Username)AppDataLocalEmurasoftEmEditorWorkspace
に変更されました。ご迷惑をお掛けして申し訳ありませんでした。