直接的な回答ではないのですが、以下の方法でいかがでしょうか。
（設定を頻繁に変更しないという前提で、3アクション必要になりますが）
【準備】
ツール→カスタマイズ→同期
「設定を同期する」にチェック
同期の方向：受信のみ
同期の経路：任意で指定
「今すぐ送信」をクリック
同期間隔：600程度に設定（使用中に同期設定を取り込まないよう念の為）
ツール→全ての設定のプロパティ→キーボード
分類：ツール
コマンド：同期のカスタマイズ
追加するショートカットキー：任意で指定（ctrl+F3等）
「割り当て」をクリック
【起動時】
EmEditor起動
操作1.先程割り当てたキー（ctrl+F3等）を入力する
↓
操作2.同期のカスタマイズウィンドウが表示されるので、「今すく受信」をクリックする。
↓
ツールバーが元に戻る
↓
操作3.OK/キャンセル
確かに自動的に設定が保存されるのではなく、「終了時に設定/ツールバー設定(etc)を保存する」ような設定ができると便利ですね
また、「今すく受信」というコマンドが追加されれば上記の方法がもう少し楽になる気がします。
（起動→キー入力→同期されるので1アクションとなる）